J'ai vu ça surtout cette année avec JBoss, ça permet de faire des sites qui tiennent beaucoup plus la charge que ceux avec PHP de base, mais ça demande de base une conf bien plus conséquente...

Pour des traitements long et complexes, c'est à dire plus compliqués que juste mise à jour et restitution d'informations à partir d'une base de données (99% des sites) c'est sympa, sinon le serveur jboss est trop lourd comme "investissement" de départ.

récapépéte :
Site simple + petite charge => PHP
Site Simple + tres grosse charge => JEE
Site compliqué => JEE

perso j'ai été assez convaincu, même si les failles de sécurités inhérentes au java me font un peu flipper quand même... Mais on peut supposer que pour des sites a grosse charge ou compliqués, il y a un expert dans l'équipe niveau gestion de serv' et de la sécu qui va avec